14 ноября 1969 г. Совет Министров СССР принял постановление «О мероприятиях по созданию научно-исследовательского комплекса по вопросам развития сельского хозяйства Сибири и Дальнего Востока». Для реализации этого постановления был образован организационный комитет под председательством академика ВАСХНИЛ И. И. Синягина, который консолидировал научные силы Сибири и Дальнего Востока, приступил к формированию научно-организационных структур будущего научного центра.

На первом этапе в состав отделения были включены отраслевые институты, расположенные в Новосибирске, а также три института из Омска, Норильска и Амурской области. Второй этап развития СО РАСХН характеризуется расширением сети научных учреждений и повышением уровня исследований. В связи с реорганизацией академий наук и реформированием аграрной науки правопреемником СО Россельхозакадемии стало Федеральное государственное бюджетное учреждение «Сибирское отделение аграрной науки».

В соответствии с приказом ФАНО России от 30 сентября 2015 г. N 496 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Сибирское отделение аграрной науки» преобразовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Сибирский федеральный научный центр агробиотехнологий (СФНЦА) Российской академии наук с присоединением к нему 12 институтов.

Основными задачами Центра являются проведение научных исследований, разработка и научное сопровождение внедрения новых критически важных технологий, прорывных технических решений, направленных на технологическую модернизацию аграрного сектора экономики, координация и научно-методическое руководство исследованиями по решению проблем научного обеспечения агропромышленного комплекса на всей территории Сибири.