В годы Великой Отечественной войны занимался созданием материалов и приборов, необходимых для фронта. Разработал технологию производства асбестовых бактериологических фильтров, используемых при переливании крови. Производство было простым и очень технологичным, благодаря чему их стали производить во многих городах. За эту работу Стрелкову была присуждена Сталинская премия. В 1943 г. направлен в США для организации в СССР производства недавно открытого пенициллина.

Награжден орденами Трудового Красного Знамени (1943), Красной Звезды (1945).