После окончания аспирантуры и защиты кандидатской диссертации в декабре 1935 г. его направляют работать в Московский научно-исследовательский институт овощного хозяйства (НИИОХ) заведующим лабораторией физиологии растений.

В начале Великой Отечественной войны Реймерс несколько месяцев служил в истребительном батальоне, затем был демобилизован.

В 1941 г. коллектив Ботанического сада АН СССР во главе с академиком Б. А. Келлером был эвакуирован в Ашхабад, где находился Туркменский филиал АН СССР. По приглашению Келлера, Федор Эдуардович с семьей выезжает в Туркмению. Здесь ученый изучает практику местного овощеводства, пишет серию статей, оказывает научно-консультационную помощь в выращивании овощей в Ашхабадской, Ташаузской и Марыйской областях Туркменской ССР.

В 1943 г. семья Реймерса возвращается из Средней Азии в Москву, Федор Эдуардович продолжает работать в НИИОХе.

«В войну было не до физиологии растений. Решались задачи сиюминутные. Например, нужно было замаскировать аэродром. Мы устраивали такой камуфляж, что все это сверху походило на огород. Летчикам очень нравилось…»