В годы Великой Отечественной войны Карпов работал в Томском медицинском институте и одновременно в Томском институте эпидемиологии и микробиологии, а также консультировал тяжелые случаи в госпиталях; возглавлял Чрезвычайную комиссию по борьбе с тифом Кировского района г. Томска.

Война требовала максимально сократить сроки выполнения научных исследований и реализации на практике полученных результатов, а саму тематику нацелить на выполнение заказов в интересах обороны. Все исследования, выполненные под руководством и при непосредственном участии Сергея Петровича Карпова, можно разделить на 7 основных направлений: токсинообразование бактерий; методы приготовления вакцин, сывороточных и диагностических препаратов; бактериофагия; эпидемиология и специфическая профилактика инфекционных заболеваний; микробиологическая диагностика инфекционных болезней; природно-очаговые болезни; иммунобиологическая реактивность организма и вирусная аллергия. Благодаря значительному личному вкладу Карпова в 1941 г. был освоен выпуск столбнячного анатоксина; в 1942 — противогангренозной сыворотки, сыпнотифозной и тифопаратифозной вакцин, дизентерийной анавакцины; в 1943 г. — дизентерийной вакцины, дизентерийного бактериофага в таблетках; в 1944 — пентавакцины, нативных пенициллина и грамицидина.

Награжден значком «Отличник здравоохранения» (1943), медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1946).

Источники:

• Карпова М. Р. Академик Сергей Петрович Карпов / М. Р. Карпова, С. А. Некрылов; Сибирский государственный медицинский университет Министерства здравоохранения Российской Федерации. Томск: Издательство СибГМУ, 2023. 142 с. (Наследие томской медицины)
• Карпов Сергей Петрович // 135 лет Сибирскому государственному медицинскому университету. Личности (дата обращения: 15.08.2025).