В 1941 г. Г. И. Будкер окончил МГУ и с последнего государственного экзамена пошел записываться на фронт добровольцем, хотя, как специалист, нужный оборонной промышленности, имел бронь от призыва. Сначала попал в один из отрядов московского ополчения, а уже оттуда — на фронт. Командовал зенитной батареей и, как мог, старался защитить девочек-зенитчиц от тягот военного времени. Там, на фронте, в полевой зенитной части, Будкер сделал первое свое изобретение — усовершенствовал систему управления зенитным огнем.

В начале 1945 г. участвовал в работе слета армейских изобретателей в Москве. Демобилизован в 1946 г.

Награжден медалями «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.», «За победу над Японией».

«Больше всего на свете я люблю цветы. Как участник минувшей войны и как физик, я очень хорошо представляю, что такое война. И — мечтаю, чтобы как можно больше людей на земле выращивали цветы. Ведь человек, любящий цветы, никогда не поднимет оружия против людей, против цветущей земли, против мира…»