Начало Великой отечественной войны застало Аврорина в экспедиции на Дальнем Востоке. Крайвоенкомат отклонил просьбу о возвращении в Ленинград, и Валентин Александрович, как офицер запаса, был оставлен на Дальнем Востоке на случай ожидавшейся тогда войны с Японией. В сложных условиях военного времени Аврорин занимался педагогической деятельностью: инспектор отдела народного образования Хабаровского края (1941–1942); преподаватель педагогического училища (Николаевск-на-Амуре, 1942–1944), начальник курсов повышения квалификации мореходного училища (там же, 1944–1945).

После войны вернулся к научной деятельности в Ленинграде.

Награжден орденами «Знак Почета» (1967), Трудового Красного Знамени (1975).