В.М.Ковеня начал свою научную деятельность стажером-исследователем в ВЦ СО АН СССР в 1967 г. Затем последовательно занимал должности младшего, старшего научного сотрудника, заведующего лабораторией и заместителя директора по научной работе в ВЦ и ИТПМ.

В 1975 г. Виктор Михайлович успешно защитил кандидатскую, а в 1983 г. - докторскую диссертацию. В 1980 г. ему было присвоено звание доцента, в 1987 г. - профессора.

В Институте вычислительных технологий СО РАН В.М.Ковеня работает с июня 1991 г. (после перевода Отдела механики сплошных сред из ИТПМ) сначала на посту заместителя директора по науке, а с 2004 г. - в должности главного научного сотрудника.

В.М.Ковеня внес значительный вклад в теорию численных методов. Им разработаны эффективные алгоритмы решения многомерных задач аэрогидродинамики, позволившие на отечественных ЭВМ получать решения важных народно-хозяйственных задач. Развитые им численные алгоритмы широко применяются в нашей стране и за рубежом и послужили основой для создания комплексов и пакетов программ, внедренных в ряде НИИ и КБ.

В.М.Ковеня - автор и соавтор более 200 научных работ, в том числе трех монографий. Изданная в 1981 г. в соавторстве с Н.Н.Яненко монография «Метод расщепления в газовой динамике» активно используется и в настоящее время специалистами, работающими в области вычислительной механики.

Среди его учеников девять кандидатов и три доктора наук.

С 1970 г. Виктор Михайлович преподает в Новосибирском государственном университете, с 1989 г. - руководит одной из ведущих кафедр механико-математического факультета - «Математического моделирования». На этой кафедре подготовлено более 1300 специалистов, работающих в различных областях науки.

Результаты научных исследований В.М.Ковени получили высокую оценку за рубежом. Он неоднократно выступал с лекциями на крупных международных форумах.

В.М.Ковеня занимается большой научно-организационной работой. Он является членом Общих собраний РАН и СО РАН, двух специализированных советов по защите кандидатских и докторских диссертаций, Азиатского общества по вычислительной аэро- и гидродинамике, оргкомитетов ряда отечественных и международных конференций, редколлегий журналов «Computer and Fluids», «Computational Fluid Dynamics», «Вычислительные технологии», ПМТФ и «Вестник Новосибирского государственного университета» (Серия: математика, механика, информатика).

За достижения в области математики и механики В.М.Ковеня неоднократно награждался Почетными грамотами РАН и Профсоюза работников РАН, поощрялся руководством Сибирского отделения и администрацией Новосибирской области. Он является ветераном СО РАН, награжден юбилейными медалями «50, 60 и 65 лет победы в Великой отечественной войне», является лауреатом государственной научной стипендии для выдающихся ученых России.