SciGuide - Научные ресурсы в открытом доступе - Биологические науки (Базы данных и порталы)
Угол
Начало Библиотека Академгородок Новости Ресурсы Библиография Поиск  
Угол
SciGuide
по алфавиту инфопоиск репозитории газеты журналы книги базы данных обзоры патенты блоги
 
SciGuide - веб-навигатор зарубежных и отечественных научных электронных ресурсов открытого доступа, элемент поддержки научной коммуникации в Сибирском отделении РАН. Навигатор помогает вести поиск качественных научных ресурсов мирового уровня. Структура навигатора и его наполнение поддерживаются сотрудниками Отдела комплектования информационными ресурсами и Отделения ГПНТБ СО РАН.
 
123 Cyr A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z

Logo Базы данных и порталы  ► Биологические науки
биологические наукигеографияиздательское деломатематикамедицинананотехнологиинауки о земле и охрана окружающей средынауковедениеобщественные наукиправофизикафилософияхимияэкономикаэнергетикаразные отрасли

*AGRIS (agris.fao.org/)  ► Реферативная БД AGRIS содержит информацию по всем вопросам сельского хозяйства и смежным с сельским хозяйством областям, таким как биотехнология, защита растений, ветеринария, сельскохозяйственное оборудование и техника, токсикология, лесное хозяйство, водное хозяйство, аквакультура и рыбное хозяйство, технология производства продуктов питания, питание человека, природные ресурсы, образование, право и т.д.
*AgroZoo (agrozoo.ru)  ► Проект информационной поддержки сельских товаропроизводителей, содержащий базы данных по теме сельского хозяйства.
*Allen Brain Atlas (www.brain-map.org)  ► Портал Института Аллена. Содержит транскриптомные атласы мыши и человека.
*AnimalBase (animalbase.de/)  ► Проект Гёттингенского университета, воплощённый в жизнь в 2004 году. Цель проекта состоит в том, чтобы перевести в оцифрованный вид раннюю зоологическую литературу и обеспечить к ней свободный доступ. Дополнительно в распоряжение общественности бесплатно предоставляются проверенные списки родов и видов животных. Проект открыл доступ широкому кругу пользователей к литературе, изданной до 1800 года, которая является ценным источником для исследователей таксономии животных.
*Australian Plant Image Index (anbg.gov.au/photo/index.html)  ► BioCyc накапливает данные, полученные на основе компьютерного анализа гено¬мов 5 700 видов организмов, большинство из которых – прокариоты. Для всех этих видов были скон-струированы интегральные сети метаболизма, включающие как уже известные, так и предсказанные ферменты, биохимические реакции, метаболические пути, системы транспорта, а также опероны (для прокариот). Базы данных EcoCyc, MetaCyc, а также Arthrospira platensis NIE-39 доступны для всех, т.к. их создание финансируется Национальными институтами здравоохранения США. Остальные базы доступны по подписке.
*Avibase (avibase.bsc-eoc.org/avibase.jsp)  ► Всеобъемлющая информационная система и база данных про птиц со всего мира, в которую занесено более 60 миллионов записей про 10000 видов и 22000 подвидов, в том числе про систематику, названия птиц на разных языках и т. д. Сайт поддерживаетмя Денисом Лэпадж и размещается на серверах Birds Canada, который является канадским партнером Birdlife International.
*BioCyc (https://biocyc.org/)*The BioCyc collection of Pathway/Genome Databases (PGDBs) provides a reference on the genomes, metabolic pathways, and (in some cases) regulatory networks of thousands of sequenced organisms. The EcoCyc and MetaCyc databases are freely available to all users because their curation is supported by NIH funding. Also free is the database for the cyanobacterium Arthrospira platensis NIES-39 as an example of a Tier 3 database. The other BioCyc databases are available via subscription, which supports their curation.
*BioModels (www.ebi.ac.uk/biomodels/)  ► Бесплатный репозиторий математических моделей биологических и биомедицинских систем. Все модели в курируемом разделе базы данных BioModels были описаны в рецензируемой научной литературе. Модели, хранящиеся в курируемой ветке BioModels, соответствуют MIRIAM , стандарту редактирования и аннотации моделей. Кураторы смоделировали модели, чтобы убедиться, что при запуске моделирования они дают те же результаты, что описаны в публикации. Компоненты модели снабжены аннотациями, поэтому пользователи могут легко идентифицировать каждый элемент модели и получать дополнительную информацию из других ресурсов.
*Biodiversity Heritage Library (www.biodiversitylibrary.org)  ► Консорциум 12 естественнонаучных и ботанических библиотек, которые сотрудничают, чтобы перевести в цифровую форму и сделать доступной традиционную литературу по биоразнообразию, содержащуюся в их коллекциях, и сделать эту литературу доступной для открытого доступа.
*BOLD (v4.boldsystems.org/)  ► Генетическая база данных BOLD (Barcode of Life Database), в которой представлена информация о ДНК-штрихкодах живых организмов из различных таксономических групп, пополняющаяся исследователями из разных регионов мира. Система BOLD также предоставляет возможность построения филогенетических деревьев с учетом последовательностей, имеющихся в базе.
*Bookshelf (www.ncbi.nlm.nih.gov)  ► электронная библиотека книг по медицине и биологическим наукам, поддерживаемая Национальным центром биотехнологической информации (NCBI, USA).
*Brenda (brenda-enzymes.info)  ►Самый полный репозиторий по ферментам. Это электронный ресурс, содержащий молекулярную и биохимическую информацию о ферментах, классифицированных IUBMB. Каждый классифицированный фермент характеризуется катализированной биохимической реакцией. Подробно описаны кинетические свойства соответствующих реагентов.
*Cancer GeneticsWeb (www.cancerindex.org)  ► Сайт предоставляет каталог ссылок на ресурсы о генах, протеинах, генетических мутациях, связанных с раком и др. заболеваниями.
*Catalogue of Life (www.catalogueoflife.org)  ►Каталог, включающий все известные специалистам виды живых существ.
*CBS-KNAW culture collection (wi.knaw.nl)  ►Одна из крупнейших в мире коллекций культур, созданная CBS Fungal Biodiversity Centre, Голландия, содержащая более ста тысяч штаммов гриба и бактерий.
*CheBi (ebi.ac.uk/chebi/)  ► Chemical Entities of Biological Interest. Словарь молекулярных субстанций, ориентированный на «малые» химические соединения. Термин "молекулярная субстанция" относится к любому конституционально или изотопно различающемуся атому, молекуле, иону, ионной паре, радикалу, радикальному иону, комплексу, конформеру и т.д., идентифицируемому как отдельно различаемое образование. Подобные молекулярные субстанции являются либо природными продуктами, либо синтетическими продуктами, используемые для вмешательства в процессы, происходящие в живых организмах.
*ConsensusPathDB (darwin-online.org.uk)*База данных молекулярно-функциональных взаимодействий, интегрирующая информацию о белковых взаимодействиях, сигналах генетических взаимодействий, метаболизме, регуляции генов и взаимодействиях между лекарственными средствами и мишенями у людей.
*Darwin Online (darwin-online.org.uk)  ► Подготовленные историком науки доктром Джоном ван Вие (колледж Тембусу университета Cингапура) работы Дарвина, находящиеся в свободном доступе.
*eBird (ebird.org)  ► Цель сайта - обеспечить доступность сообщений о ежегодных наблюдениях за птицами как любителями, так и профессионалами. База содержит более 4 млн отчетов о наблюдениях за птицами северной Америки.
*emage Gene Expression Data (www.eurexpress.org/ee)  ► Онлайновая биологическая база данных данных об экспрессии генов в развивающемся эмбрионе мыши. Состоит из EurExpress Gene Expression, DataOptical Projection Tomography data, Wnt Pathway Analysis Data, Other gene expression data.
*Ensembl (http://www.ensembl.org/index.html)*Геномный браузер. Совместный научный проект Европейского института биоинформатики и Института Сенгера. Основной задачей этого проекта является обеспечение специалистов интегрированным доступом к базам данных, касающихся строения геномов более 50 видов позвоночных, включая человека, мышь, крысу, рыбку Данио-рерио и др. Проект был запущен в 1999 году.
*European Bioinformatics Institute (www.ebi.ac.uk)  ► Портал Европейского института биоинформатики - подразделения Европейской Лаборатории молекулярной биологии (EMBL). Предоставляет информацию о биологических экспериментах, а также доступ к нескольким молекулярным базам данных.
*ExPASy (www.expasy.org)  ► Портал the SIB Swiss Institute of Bioinformatics , который предоставляет доступ к базам данных и ресурсам по различным отраслям биологических наук, включая протеомику, геномику, филогению, системную биологию, популяционную генетику, транскриптомику и т.д.
*Fungal Genetics Stock Center (www.fgsc.net)  ► База данных открытого репозитория по генетике грибов.
*GBIF (Global Biodiversity Information Facility) (www.gbif.org)  ► GBIF—the Global Biodiversity Information Facility – крупнейшая база данных по биоразнообразию, содержащая записи, начиная от бактерий до синих китов. База данных глобального биоразнообразия агрегирует информацию биологических коллекций и систематизирует её по единым стандартам и протоколам. Интеграция в глобальную базу данных делает локальную информацию доступной для исследователей со всего мира. GBIF содержит данные от 1124 научных организаций.
*GEISHA (geisha.arizona.edu/geisha/)  ►Электронный репозиторий метаданных гибридизации in-situ для генов, экспрессивных в курином эмбрионе в течение первых шести дней развития. Проект финансируется National Institutes of Health, США.
*GenAtlas (genatlas.medecine.univ-paris5.fr)  ► Специализированная база данных по структуре, экспрессии и функциям генов, генным мутациям. Предоставляет возможность произвести поиск по известному гену или фенотипу.
*Global Registry of Scientific Collections (grbio.org)  ► Интегрированный ресурс по биологическим коллекциям музеев, гербариям и другим биорепозиториям.
*Hudsen (hudsen.org/)  ► Атлас ХАДСЕНА - это трехмерная (3D) пространственная структура для изучения экспрессии генов в развивающемся человеческом мозге.
*IntAct Molecular Interaction Database (ebi.ac.uk/intact/)  ► База данных для хранения и анализа информации по белковым взаимодействиям. Интерфейс обеспечивает возможность получения текстовых и графических представлений белковых взаимодействий и позволяет изучение взаимодействия сетей в контексте аннотаций GO по взаимодействующим белкам.
*ITIS (itis.gov/)  ► Интегрированная таксономическая информационная система (ИТИС), предоставляющее достоверную таксономическую информацию по растениям, животным, грибам и микробам Северной Америки и мира. ITIS была первоначально образована в 1996 году как межведомственная группа в рамках федерального правительства США, с участием нескольких федеральных агентств США, и в настоящее время стала международным органом, с участием канадских и мексиканских и других правительственных учреждений. База данных пополняется большим сообществом таксономических экспертов.
*KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (www.genome.jp)  ►Веб-ресурс, объединяющий ряд биологических баз данных, где собрана геномная, химическая, функциональная и пр. информация, и предназначенный, прежде всего, для интерпретации данных геномного секвенирования. Ресурс представляет собой попытку компьютеризировать все данные молекулярной и клеточной биологии. База данных с структурированной информацией о структурах биомолекул , лекарственных препаратов, уравнения реакций , метаболических путей, генов и функциональной иерархии биологических систем в различных организмах. База данных создана и поддерживается лабораториями Канехиса в Центре биоинформатики Университета Киото и Центром генома человека Токийского университета. Ресурс существует с 1995 года.
*MedBioWorld (www.medbioworld.com)  ► портал , предоставляющий информацию по медицине и биотехнологии.
*MetaCyc Metabolic Pathway Database (metacyc.org)  ►Одна из самых крупных баз данных по метаболическим путям, биохимическим реакциям и участвующим в них ферментам, собранных экспертами-биологами из научных публикаций. В 2017 г. MetaCyc содержала сведения о более чем 2 400 метаболических путей 2 816 видов организмов (как про¬кариот, так и эукариот), полученные из 46 000 публикаций.
*MINT (mint.bio.uniroma2.it) ►MINT, the Molecular INTeraction database, база данных молекулярных взаимодействий создана для хранения информации по функциональным взаимодействиям между белками. Кроме бинарных комплексов база содержит данные и по другим типам функциональных взаимодействий, включая ферментативную модификацию одного из членов пары.
*miRBase (mirbase.org/)  ► miRBase - биологическая база данных, которая действует как репозиторий информации о микроРНК последовательностям. miRBase выросла из ресурса реестра микроРНК, созданного Сэмом Гриффитс-Джонсом в 2003 году.
*MycoBank (mycobank.org)  ► Базы данных по грибам, поддерживаемые Международной микологической ассоциацией.
*NAR Database Summary Paper Category List (www.oxfordjournals.org)  ► Каталог биологических баз данных широкой тематики, подготовленный коллективом журнала Nucleic Acids Research.
*NCBI databases (www.ncbi.nlm.nih.gov) ►Базы данных the National Center for Biotechnology Information содержат информацию по генетике и биомедицине
*NetPath (netpath.org)  ► База сигнальных путей человека (преимущественно вовлеченных в регуляцию иммунных процессов), построенных на основе ручного анализа 5 500 публикаций. NetPath содержит 36 диаграмм, включающих 2 800 объектов (метаболиты, белки и гены, для которых имеются данные о транскрипционных факторах, регулирующих активность этих генов) и 1 600 реакций между ними.
*OneZoom tree of life explorer (onezoom.org/) ►Древо Жизни – масштабная интерактивная карта эволюционных связей между всеми известными науке живыми существами. На нем больше двух миллионов листочков – отдельных видов. Можно начать путешествие по Древу Жизни с человека - на первой картинке видна наша веточка, а цифры на разветвлениях показывают, сколько миллионов лет назад один вид отделился от другого. На второй картинке – вся большая ветвь млекопитающих, на которой нас уже не так просто найти. Ну а если идти от самого корня, вы наверняка заблудитесь, - древо намного больше, чем наши интуитивные представления о многообразии живых существ. Двойной клик на латинское название любого таксона на древе откроет статью в википедии
*Pathbase (pathbase.net/)  ► База данных, в которой хранятся изображения аномальной гистологии, связанные со спонтанными и индуцированными мутациями как эмбриональных, так и взрослых мышей, включая те, которые получены путем трансгенеза, целевого мутагенеза и химического мутагенеза. Также доступны изображения нормальной гистологии мыши и зависящих от штамма фоновых поражений. База данных и изображения находятся в открытом доступе и связаны анатомическим сайтом, генными и другими идентификаторами с соответствующими базами данных; существуют также средства для общественного обсуждения и аннотирования записей.
*Pathway Commons (pathwaycommons.org)  ► Информационный ресурс, содержащий информацию о биохимических реакциях, образовании белковых комплексов, процессах транспорта и катализа, а также физических взаимодей-ствиях, в которых участвуют белки, ДНК, РНК, их комплексы, а также метаболиты. Pathway Commons интегрирует данные из различных информационных источников и представляет их в едином формате, что обеспечивает быстрый поиск и загрузку данных.
*Plants For A Future (www.pfaf.org)  ► База данных растений Plants For A Future (PFAF) (Растения будущего), включающая около 7000 видов растений.
*Protein Information Resource (proteininformationresource.org/)  ► PIR - база данных по первичным последовательностям и пространственной структуре белков, интегрированный ресурс по биоинформатике, целью которого является поддержка исследований в области геномной, протеомной и системной биологии.
*RCSB Protein Data Bank (www.rcsb.org)  ► Банк данных 3-D структур белков и нуклеиновых кислот. PDB является одним из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований, например, NIH в США требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB.
*REACTOME (reactome.org)  ► База знаний Reactome содержит курируемые экспертами сведения по метаболическим и сигнальным путям, процессам транспорта молекул в клетке, репликации ДНК.. В Reactome накоплены данные о процессах и реакциях 15 видов эукариот и 4 видов прокариот. Наибольшее количество инфор¬мации собрано по человеку и мыши. Ведется с 2003 года.
*REBASE (rebase.neb.com)  ► База данных по ферментам рестрикции.
*SDAP 2.0 - Structural Database of Allergenic Proteins (fermi.utmb.edu/SDAP/)  ► ВЕБ-сервер, объединяющий базу данных по протеинам-аллергенам, куда входят: имя, источник, последовательность, структура, эпитопы а так же сопутствующие ссылки на такие структурные банки данных, как SwissProt, PIR, NCBI, PDB, с различными биоинформатическими ресурсами, позволяющими изучать структуру и прочие особенности белков-аллерегенов. Главным сервером, на котором находится база, является сервер Медицинского Отдела Университета Техаса.
*SIGNOR (signor.uniroma2.it)  ► The SIGnaling Network Open Resource, содержит информацию по сигнальным путям трех видов организмов (человек, мышь, крыса), которая внесена в систему на основе ручного анализа научных публикаций. В базе содержатся экспериментально подтвержденные данные о регулятор¬ных взаимодействиях между объектами сигнальных путей: образовании комплексов, активации либо ингибировании активности белков на основе посттранскрипционных модификаций, регуляции транс¬крипции. Диаграммы сигнальных путей интерактивны, их можно просматривать в нескольких режимах.
*SMPDB (smpdb.ca/)  ► SMPDB, Small Molecule Pathway Database содержит 618 диаграмм путей регуляции различных процес¬сов человека: метаболических и сигнальных путей; патологических процессов; метаболизма лекарственных веществ и механизмов их действия; сложных биологических процессов на клеточ¬ном и организменном уровне. Диаграммы созданы вручную, на основе аннотации научных публикаций. SMPDB разработан специально для поддержки выяснения и открытия путей в метаболомике , транскриптомике , протеомике и системной биологии.
*SPIKE (cs.tau.ac.il/~spike)*База данных содержит данные о сигнальных путях человека. Данные были внесены в базу SPIKE экспертами на основе анализа научных публикаций, а также экстракции и тщательной проверки данных из других ресурсов по генным сетям.
*The UCSC Genome Browser (genome.ucsc.edu/)  ► Геномный браузер UCSC содержит базу последовательностей и рабочие инструменты для большого количества геномов. Браузер позволяет перемещаться по хромосомам, показывая все существующие к ним аннотации. Есть Gene Sorter, который отображает сортируемую таблицу генов, которые каким-либо образом родственны или гомологичны. The Table Browser можно использовать для поиска данных, связанных с запросом, в текстовом формате, для подсчета пересечений между запросами и поиска последовательности ДНК, покрываемой запросом. В нём есть множество дополнительных треков, которые можно подгружать и смотреть на интересующий участок генома и его консервативность, наличие различных функциональных элементов, сравнивать с последовательностями неандертальцев и денисовцев и делать ещё множество вещей.
*UniProt (www.uniprot.org)  ► The Universal Protein Resource (UniProt) представляет собой базы данных UniProt Knowledgebase (UniProtKB), the UniProt Reference Clusters (UniRef), and the UniProt Archive (UniParc). Является одним из наиболее всеобъемлющих каталогов информации о белках и их функциях.
*Unknome (unknome.mrc-lmb.cam.ac.uk/)  ► База данных содержит все белковые кластеры, содержащие по крайней мере 1 белок человека или любого из 11 модельных организмов. Кластеры могут быть ранжированы по степени известности, и пользователь может изменить этот список таким образом, чтобы включить только те белки, которые присутствуют в определенной комбинации видов, таких как человек плюс предпочтительный модельный организм. Для каждого семейства белков интерфейс показывает ортологи в его кластере и то, как со временем менялась изученность кластера. Эти принципы проектирования максимизируют универсальность и мощь базы данных Unknome как инструмента для исследователей из различных областей биомедицины.
*WikiPathway (www.wikipathways.org/)*WikiPathways содержит схемы регуляции биологических процессов, построенные вручную, на основе анализа научных публикаций. WikiPathways является открытой платформой для сбора и распростране¬ния данных, поскольку ввод информации осуществляется зарегистрированными пользователями через специальную интернет-доступную программу. Благодаря такой системе WikiPathways чрезвычайно ак¬тивно пополняется. Поиск данных в базе WikiPathways осуществляется по названию гена или любого другого объекта, а также по названию диаграммы.
*World Flora Online (www.worldfloraonline.org)  ► Каталог растений, встречающихся в мире. Это международный проект, который будет включать опубликованную информацию о растительном мире, поправки, каталоги, а также данные по малоизученным группам растений и растениям в неисследованных регионах мира.
*World-Wide Virtual Library: Botany (www.ou.edu)  ► Коллекция ссылок по ботанике.
*zoomet.ru (zoomet.ru/)  ► Бесплатная электронная биологическая библиотека. Статьи и книги о птицах, млекопитающих, рептилиях и амфибиях, беспозвоночных и др.Все материалы взяты из открытых источников или присланы посетителями и представлены исключительно в ознакомительных целях.
 

123 Cyr A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z
Угол
[Начало | О библиотеке | Академгородок | Новости | Выставки | Ресурсы | ИнфоЛоция | Поиск  ]
Угол

  Замечания и предложения о SciGuide: talita@spsl.nsc.ru
© 2010-2024 Отделение ГПНТБ СО РАН (Новосибирск)
Текущая статистика доступов
 

Отредактировано: Mon Mar 11 16:28:30 2024 (56,443 bytes)
Посещение 7359 с 15.04.2010