Юрий Павлович Холюшкин родился 17 августа 1945 года в Самарканде (Узбекская ССР). В 1963 г. поступил на историко-географический факультет Самаркандского государственного университета им. А.Навои. С 1964 по 1967 г. служил в рядах Советской Армии. В 1971 г. закончил исторический факультет Самаркандского университета.
В 1973 г. поступил в аспирантуру Института истории, филологии и философии СО РАН (научный руководитель академик А.П.Окладников) и окончил аспирантуру с предоставлением диссертации. В 1981 г. защитил кандидатскую диссертацию по монографии «Проблемы корреляции позднепалеолитических индустрий Сибири и Средней Азии»1.
С 1977 по 1993 г. Юрий Павлович прошел путь от младшего до ведущего научного сотрудника Института истории, филологии и философии СО РАН.
В 1992 г. Ю.П.Холюшкин защитил докторскую диссертацию «Новые направления в изучении палеолита Северной Азии»2. На формирование его научных взглядов оказали влияние: сотрудники Самаркандского университета доцент Д.Н.Лев и Е.Н.Амарцева, чл.-корр. АН Таджикистана, действительный член РАЕН В.А.Ранов, академик А.П.Окладников, к.ф-м.н. А.Ф.Фелингер, к.х.н. Е.Д.Гражданников, д.и.н. Л.С.Клейн, Л.Бинфорд, Д.Кларк, К.Леви-Строс, В.Тернер. Своим главным научным достижением Юрий Павлович считает создание системной классификации археологии и разработку такой же классификации в этнологии, антропологии и ряде других наук.
С 1993 г. по декабрь 2012 г. работал в должности главного научного сотрудника Института археологии и этнографии СО РАН с исполнением обязанностей заведующего сектором археологической теории и информатики.
Юрий Павлович является основателем и главным редактором периодического издания «Информационные технологии в гуманитарных исследованиях», первый номер которого вышел в 1998 г.
В 1999 г. Ю.П.Холюшкин был избран членом-корреспондентом Российской академии естественных наук (РАЕН), а в 2003 г. - действительным членом этой академии. С 2002 г. исполняет обязанности председателя Новосибирского центра и члена Президиума Западно-Сибирского отделения РАЕН.
Юрий Павлович ведет активную преподавательскую деятельность. В течение ряда лет он являлся профессором Алтайской государственной академии образования (г. Бийск), Новосибирского государственного технического университета и преподавателем Новосибирского государственного университета, Высшего колледжа информатики Новосибирского государственного университета и Томского государственного университета.
С 2013 г. Юрий Павлович Холюшкин работает главным научным сотрудником ГПНТБ СО РАН.
Юрий Павлович автор более 360 научных работ, в том числе 22 монографий.
