Имя академика В.А.Коптюга носят:

- проспект в новосибирском Академгородке;
- премия, присуждаемая Сибирским отделением Российской академии наук и Национальной академией наук Республики Беларусь за достижение выдающихся результатов при выполнении совместных исследований;
- премия молодым научным сотрудникам СО РАН за работы в области физической органической химии;
- студенческая стипендия, присуждаемая мэрией г. Новосибирска;
- научно-исследовательское судно в составе Байкальского флота Лимнологического института СО РАН;
- аудитория в Новосибирском государственном университете.

Проспект Академика В.А.Коптюга, начинающийся от проспекта Академика М.А.Лаврентьева

Настольная медаль, которая вручается вместе с премией имени В.А.Коптюга, учрежденной Сибирским отделением РАН и НАН Республики Беларусь

Научно-исследовательское судно «Академик В.А.Коптюг» на Байкале