 | Брагина Е.Ю. Базы данных по геному человека. Поиск и анализ биологических данных на примере использования геномного браузера Ensembl: учеб. пособие / Е.Ю.Брагина, Л.А.Конева. - Томск: Печатная мануфактура, 2014. - 63 с. - (Наследственность и здоровье; вып.9).
ШИФР ОТДЕЛЕНИЯ ГПНТБ СО РАН Е7-Б87
| |
Список сокращений ............................................... 3
Введение ........................................................ 5
1 БАЗЫ ДАННЫХ .................................................. 7
1.1 Основные определения и понятия баз данных. История
создания ................................................ 7
1.2 Базы данных последовательностей нуклеиновых кислот ...... 8
1.3 Базы данных белковых последовательностей ............... 11
1.4 Базы данных структур ................................... 14
1.5 Библиографические базы данных .......................... 15
1.6 Возможности использования баз данных ................... 17
2 БАЗА ДАННЫХ И ГЕНОМНЫЙ БРАУЗЕР ENSEMBL ...................... 19
2.1 Цели и задачи проекта Ensembl .......................... 19
2.2 Основные возможности браузера Ensembl .................. 21
2.3 Веб-сервис BioMart ..................................... 27
2.4 Поиск информации в Ensembl ............................. 29
2.5 Описание и структура гена .............................. 31
2.6 Поиск связи гена с заболеванием ........................ 35
2.7 Полиморфные варианты генов в Ensembl ................... 39
2.8 Биоинформационные инструменты Ensembl .................. 41
Заключение ..................................................... 43
Тестовые задания ............................................... 44
Ситуационные задачи ............................................ 47
Вопросы для самоконтроля ....................................... 49
Задания для самостоятельной подготовки ......................... 50
Эталоны ответов на тестовые задания ............................ 53
Эталоны ответы на ситуационные задачи .......................... 54
Список терминов ................................................ 55
Рекомендуемая литература ....................................... 59
Приложение ..................................................... 60
|
| В пособии изложены основные термины и понятия, касающиеся биологических баз данных. Приведены основные принципы, используемые разработчиками при проектировании специализированных баз данных.
Целью пособия является обучение практическим навыкам работы с данными, представленными в биологических базах. Основной упор делается на понимание и использование аннотированной информации, представленной в базах данных. В качестве примера рассмотрены основные возможности использования геномного браузера Ensembl.
Пособие предназначено для слушателей системы послевузовского и дополнительного профессионального образования врачей, обучающихся по специальностям "лабораторная генетика" и "генетика". |
|
