ПРЕДИЛОВИЕ ...................................................... 3
ГЛАВА 1. БИОИНФОРМАТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ДЛЯ ОТБОРА КОМПОНЕНТОВ
СИНТЕТИЧЕСКИХ ПРОТИВОВИРУСНЫХ ВАКЦИН ............................ 5
1.1 Схема отбора компонентов для синтетических вакцин .......... 5
1.2 Определение основных направлений мутационного давления в
вирусном гене .............................................. 8
1.3 Выделение наиболее иммуногенных областей вирусного белка .. 14
1.4 Предсказание вторичной структуры для выделенных
B-клеточных эпитопов ...................................... 21
1.5 Оценка уровней мутабельности B-клеточных эпитопов
вирусного белка ........................................... 23
1.6 Оценка консервативности B-клеточных эпитопов вирусного
белка ..................................................... 29
Литература ..................................................... 34
ГЛАВА 2. МЕТОДИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫ И ПРИЕМЫ ПОЛУЧЕНИЯ КРИСТАЛЛОВ
БЕЛКОВ: КРИСТАЛЛИЗАЦИЯ МИНОРНОЙ ФОРМЫ ГЕМОГЛОБИНА А2 ........... 34
2.1 Обзор методов кристаллизации белковых молекул ............. 36
2.2 Стратегии кристаллизации белковых молекул ................. 51
2.3 Получение кристаллов гемоглобина A2 ....................... 55
Литература ..................................................... 64
ГЛАВА 3. ВЫДЕЛЕНИЕ, ОЧИСТКА И ИССЛЕДОВАНИЕ СВОЙСТВ ФЕРМЕНТОВ ... 65
3.1 Количественное определение белка .......................... 66
3.2 Общие правила работы с ферментами ......................... 75
3.3 Определение активности ферментов .......................... 77
3.4 Выделение и очистка ферментов ............................. 79
3.5 Частичная очистка растворимой НТФазы из почек быка ........ 91
3.6 Исследование свойств ферментов ............................ 99
Литература .................................................... 104
ГЛАВА 4. АНАЛИЗ АМИНОКИСЛОТ И РОДСТВЕННЫХ СОЕДИНЕНИЙ
ХРОМАТОГРАФИЧЕСКИМИ МЕТОДАМИ .................................. 104
4.1 Аналитические задачи, требующие аминокислотного анализа .. 104
4.2 Определение свободных аминокислот с помощью
ионообменной хроматографии ............................... 107
4.3 Высокоэффективная ионно-обменная хроматография (ВЭЖХ) .... 117
Литература .................................................... 131
ГЛАВА 5. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ПРОТЕОЛИЗА ....................... 132
5.1 Биологическая роль протеолиза ............................ 133
5.2 Методы определения активности протеолитических
ферментов ................................................ 135
5.3 Препаративные методы при анализе протеолитической
активности ............................................... 152
Литература .................................................... 156
ГЛАВА 6. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ АКТИВНОСТИ АНТИОКСИДАНТНОЙ
СИСТЕМЫ И СВОБОДНОРАДИКАЛЬНЫХ ПРОЦЕССОВ В КЛЕТКАХ И ТКАНЯХ .... 158
6.1 Определение показателей, характеризующих активность
свободнорадикальных процессов ............................ 159
6.2 Определение концентрации диеновых конъюгатов в
микросомальной фракции печени крыс ....................... 163
6.3 Определение концентрации вторичных продуктов ПОЛ и
скорости процессов перекисного окисления ненасыщенных
жирных кислот с тиобарбитуровой кислотой ................. 164
6.4 Определение скорости ПОЛ в микросомальной фракции
печени крыс в присутствии прооксидантов .................. 167
6.5 Оценка окислительной модификации белков .................. 170
6.6 Определение показателей АОС .............................. 173
6.7 Метод определения антиоксидантной активности смесей
веществ или биологических жидкостей с использованием
микросомальной фракции печени крыс в качестве модельной
системы окисления ........................................ 193
Литература .................................................... 195
ГЛАВА 7. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ПОТРЕБЛЕНИЯ КИСЛОРОДА И
ОКИСЛИТЕЛЬНОГО ФОСФОРИЛИРОВАНИЯ ............................... 196
7.1 Полярографический метод .................................. 197
7.2 Исследование тканевого дыхания и окислительного
фосфорилирования изолированных митохондрий ............... 199
7.3 Преимущества изучения митохондриального окисления целой
ткани .................................................... 206
Литература .................................................... 212
ГЛАВА 8. БИОХИМИЯ ДЫХАНИЯ И ЭНЕРГЕТИЧЕСКОГО ОБМЕНА ............ 213
8.1 Тканевой цилиндр Крога ................................... 213
8.2 Концепция конвективного механизма транспорта кислорода ... 217
8.3 Методы исследования осцилляторного массопереноса воды
и кислорода .............................................. 223
8.4 Математическое моделирование дыхания и оксигенации ....... 226
8.5 Диффузионный и осцилляторный механизмы оксигенации ....... 228
Литература .................................................... 231
ГЛАВА 9. БИОХИМИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ЦИКЛА
ТРИКАРБОНОВЫХ КИСЛОТ .......................................... 232
9.1 Роль цикла трикарбоновых кислот в обмене веществ ......... 232
9.2 Методы определения активности ферментов ЦТК .............. 234
9.3 Определение содержания субстратов ЦТК .................... 249
Литература .................................................... 254
ГЛАВА 10. БИОХИМИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ГЛИКОЛИЗА ......... 255
10.1 Биологическое значение гликолиза ......................... 255
10.2 Определение содержания некоторых субстратов
гликолитического пути .................................... 258
10.3 Определение активности важнейших ферментов
гликолитического пути .................................... 266
Литература .................................................... 272
ГЛАВА 11. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ОБМЕНА ЛИПИДОВ .................. 273
11.1 Экстракция липидов из крови и тканей ..................... 273
11.2 Исследование состава липидов методом тонкослойной
хроматографии ............................................ 274
11.3 Количественное определение триглицеридов сыворотки
крови .................................................... 282
11.4 Качественный и количественный анализ высших жирных
кислот методом газожидкостной хроматографии .............. 284
Литература .................................................... 292
ГЛАВА 12. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ МИКРОСОМАЛЬНЫХ И
МИТОХОНДРИАЛЬНЫХ МЕМБРАН ...................................... 293
12.1 Микросомальные мембраны и метаболизм ксенобиотиков ....... 293
12.2 Выделение микросом. Количественное определение
цитохромов ............................................... 298
12.3 Определение активности некоторых ферментов
лекарственного метаболизма ............................... 299
12.4 Определение активности системы метаболизма
ксенобиотиков в целом организме .......................... 302
12.5 Митохондриальные мембраны. Электрон-транспортная цепь
митохондрий .............................................. 305
12.6 Биохимический анализ мембран митохондрий ................. 309
Литература .................................................... 317
ГЛАВА 13. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ БИОХИМИИ ФАГОЦИТОЗА ............. 318
13.1 Выделение нейтрофилов крови человека ..................... 320
13.2 Определение жизнеспособности клеток ...................... 322
13.3 Исследование генерации АФК ............................... 326
13.4 Изучение процессов активации клеток, связанных с
изменением концентрации свободных ионов Са2+ в цитозоле .. 330
13.5 Методы регистрации внутриклеточной концентрации Са2+ ..... 333
Литература .................................................... 341
ГЛАВА 14. БИОХИМИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ОЦЕНКИ МЕТАБОЛИЗМА В ПЕЧЕНИ .... 341
14.1 Методики воспроизведения повреждения печени .............. 342
14.2 Спектрофотометрическое определение суммарного
содержания нуклеиновых кислот ............................ 343
14.3 Определение содержания гликогена в печени по Р. Крисман .. 354
14.4 Определение содержания холестерола в печени .............. 356
14.5 Оценка цитотоксичности гепатотропных препаратов
in vitro ................................................. 357
14.6 Методы оценки апоптоза гепатоцитов ....................... 364
14.7 Оценка цитотоксичности с использованием культуры клеток
Нер2 (на примере гемолимфы куколок дубового шелкопряда) .. 368
Литература .................................................... 370
ГЛАВА 15. СОВРЕМЕННЫЙ ИММУНОХИМИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ:
ПРИНЦИПИАЛЬНЫЕ ОСНОВЫ, РАЗНОВИДНОСТИ И ВОЗМОЖНОСТИ
ПРАКТИЧЕСКОГО ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ................................... 371
15.1 Иммунохимический анализ: основные термины и понятия ...... 372
15.2 Радиоиммунологический анализ ............................. 377
15.3 Иммуноферментный анализ .................................. 387
15.4 Развитие методов ИХА ..................................... 392
15.5 Методы современного экспрессного иммунохимического
анализа .................................................. 394
15.6 Иммунохроматографический анализ .......................... 398
15.7 Перспективы развития средств иммунохимического анализа ... 401
Литература .................................................... 404
ГЛАВА 16. ОСНОВЫ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА ............ 404
16.1 ДНК-матрица .............................................. 405
16.2 Праймеры (олигонуклеотиды) ............................... 407
16.3 Термостабильные ДНК-зависимые ДНК-полимеразы ............. 415
16.4 Проведение ГЩР ........................................... 417
16.5 Методы ПЦР ............................................... 419
16.6 Секвенирование ДНК ....................................... 432
Литература .................................................... 438
ГЛАВА 17. ЗАЩИТНЫЕ РЕАКЦИИ РАСТИТЕЛЬНЫХ ОБЪЕКТОВ ПРИ СТРЕССЕ
И МЕТОДЫ ИХ ОЦЕНКИ ............................................ 438
17.1 Подготовка материала для исследований .................... 439
17.2 Воспроизведение стресса у растений ....................... 442
17.3 Методы исследования продуктов окислительной деградации
макромолекул ............................................. 444
17.4 Методы исследования антиоксидантной системы
растительного организма .................................. 446
17.5 Рутинные биохимические параметры растительных объектов ... 457
17.6 Методы исследования растительных фенолов ................. 462
17.7 Молекулярно-генетические исследования растительных
объектов ................................................. 466
Литература .................................................... 468
ГЛАВА 18. ТРАНСКРИПЦИОННЫЕ ФАКТОРЫ PPAR ....................... 469
18.1 Структура и механизмы функционирования ................... 470
18.2 Экспрессия генов PPAR в организме ........................ 472
18.3 Выделение и очистка суммарной РНК из животных тканей ..... 474
18.4 Синтез кДНК на РНК-матрице ............................... 479
18.5 Количественная полимеразная цепная реакция в режиме
реального времени ........................................ 481
Литература .................................................... 485
|
